Anche per i pitagorici fu necessario affrontare il problema dell’origine delle cose. Anch’essi, sulla scia dei filosofi della scuola di Mileto, hanno dato una soluzione, ritenendo che tutte le cose sono governate dal numero. Perciò il “punto” [ergo il numero] è l’origine di tutto. Il punto, siamo in geometria, per definzione non ha dimensioni, ma, per i pitagorici, esso le ha anche se sfuggono alla sensibilità dell'occhio umano. Poi fra i numeri, quindi aritmetica e geometria, c’è un rapporto di interdipendenza e complemetarietà. Il punto è uguale ad uno, due punti sono uguali alla linea, tre punti fanno un piano, quattro punti sono uguali al solido più elementare,cioè il tetraedro.
In che modo i pitagorici identificano il punto con l’origine delle cose? Premesso che il punto è un ente fisico, esso viene posto al centro del vuoto, altro ente indeterminato ed indefinito, cioè non fisico. Per i pitagorici il tentatitivo di dare un’identità all’origine di tutte le cose, da parte dei filosofi della scuola di Mileto, è stato lodevole ma non sufficientemente plausibile. È pur vero che l’acqua rientra in quasi tutti i componenti della natura, non certo nel fuoco. È anche vero che l’apeiron infinito,  indefinito  e indeterminato, comprende tutto l’universo mondo, fuoco compreso, ma non è preciso, esatto, proprio, quale lo avrebbero voluto i seguaci di Pitagora. Non può essere pertinente ad ogni singola cosa, perché non la definisce. È anche vero che l’aria, occupando il vuoto per intero, comprende tutto e forse da lì si possono spiegare le origini di fuoco, terra, acqua, con l'aria, sono padroni del tutto, ma anche lì, per i pitagorici non era abbastanza. Allora? I pitagorici furono scienziati che si servivano della matematica e il numero rappresentava un ente dai contorni limitati ed allo stesso tempo illimitati con la compartecipazione del vuoto, secondo la spiegazione che segue: il punto è posto al centro del vuoto, il quale è indeterminato e indefinito, fuori dallo spazio tempo. Il punto, cioè l’ente limitato, attrae l’illimite, cioè il vuoto. Quindi il limite si pone come principio, mentre il vuoto si pone come sottoprincipio, poiché solo il limite pone in condizione di esistere. Non c’è ordine senza esistenza, o meglio non c’è esistenza senza ordine. Dunque il limite “ punto” attrae e si compenetra nel vuoto, assorbendolo, causando una reciproca frammentazione, genera la nascita della molteplicità delle cose. Nel momento in cui si generano tutti gli enti in natura, cioè l’ordine matematico delle realtà, nascono tutti i numeri, che, poi, rappresentano tutte le cose.
Riguardo ai primi quattro elementi primordiali della natura, i pitagorici sostengono che il fuoco sia rappresentato dal tetraedro,la terra dal cubo, l’aria dall’ ottaedro, l’ acqua dall’icosaedro.